LeGenoscopemetlesdonn é esgé nomiques à dispositiondesscientifiquesavecMySQLEnterpri... Position
Cr é en 1997, le Genoscope-Centre National de S é quen çage-est un grand é quipement au service de la communaut é scientifique. sa mission est d 'acqué rir, de "s é quencer", et d 'analyser l' information gé n é tique de pers organismes d' int é r comment t scientifique, mé dical ou é conomique. concr è tement, le s é quençage consiste à d é terminer l 'Orde dans lequel s' encha sans nent les mol é cules é l é mentaires qui constituent les mol é cules d 'Adn. le Genoscope produit des donné es de nature perse-Sé quences entiè res ou partielles de génomes ou de produits d 'expression des gè nes-qu' il compare et interpr also. aprè s avoir é t é l 'un des acteurs du projet gé nome humain, le Genoscope met aujourd 'hui le cap vers la gé nomique environnementale. depuis 2007, le Genoscope est int é gr é à l 'comment Ut de gé nomique du CEA, le Commissariat à l 'énergie atomique et aux é nergies alternatives.
D é-Fi
- Mettre un volume important de donné es scientifiques à disposition des biologistes du monde entier via une base de donné es alliant performance, portabilit é et simplicit é d 'utilisation.
- Rapidement et simplement d é ployer de nouvelles applications de bases de donné es pour r é Ponde aux besoins croissants d 'Analyze gé nomique.
Solution
- Le Genoscope a initialement utilis é Sybase comme base de donn é es mais faisait face à plusieurs contraintes, notamment en termes de portabilit é sur diff é rentes plateformes ainsi que de simplicit é d 'utilisation et d' administration.
- Evaluation et s é lection de MySQL comme nouveau standard de base de donné es pour ré Ponde à ces contraintes.
- Environ 300 bases MySQL contenant 8 té raoctets de donné es sont d é ploy é es par l 'comment UT à ce jour, comment Ant:
- 250 bases MySQL utilis é es pour mettre les donn é es gé nomiques à disposition de la communaut é scientifique via des applications Web. chaque application est d é di é e à un type participant ulier de donn é es, par exemple les "mé tag é nomes" ou la comparaison de diff é rents gé nomes. L 'application la plus importante gè re plus de 5 té raoctets de donn' es, s' appuyant sur une trentaine de bases MySQL.
- Une cinquantaine de bases de donn' es MySQL utilis é es pour des applications d 'informatique d é cisionnelle et de gestion de projets.
- Le Genoscope utilise MySQL 5.6 pour les nouvelles applications, ainsi que MySQL Workbench pour leur mod é lisation et d é veloppement. Sylvain Bonneval, DBA de l'équipe système, souligne"Outre la performance et la simplicit é d 'utilisation de MySQL, nous appr é cions participant uliè rement le rythme des innovations d é livr é es par Oracle. mySQL 5.6 int? gre de nombreuses nouvelles fonctionnalit é s tr? s utiles et nous constatons à quel point MySQL est une base de donn' es en pleine progression."
- MySQL Enterprise Edition a é Témis en place pour permettre aux é quipes de Bé né ficier de l 'ACC è s au support technique MySQL d 'Oracle ainsi que des outils de monitoring comme le MySQL Enterprise Monitor et MySQL Query Analyzer.
"MySQL nous a permis de largement accro implements tre l 'usage des bases de donn' es au sein de notre organization. C 'est un outil parfaitement adapt é aux applications de recherche publique, tant par sa performance que par sa nature open source."Sylvain Bonneval, DBA, Le Genoscope
