擴增子分析解讀7物種分類統計 篩選進化樹和其它，擴增物種

擴增子分析解讀7物種分類統計 篩選進化樹和其它，擴增物種
分析前準備

# 進入工作目錄cd example_PE250

上一節回顧：我們獲得了OTU序列的進化分析、同時計算Alpha和Beta多樣性值。 本節是最後一節，我們對物種進行分類統計，篩選高丰度結果用於進化樹展示，和其它用於R統計分析的結果產生19. 按物種分類層級分類匯總OTU表中最重要的注釋資訊是物種注釋資訊。通常的物種注釋資訊分為7個層級：界、門、綱、目、科、屬、種。種是最小的層級，和OTU類似但有不相同。我們除了可以比較樣品和組間OTU水平差異外，還可以研究不同類似層級上的差異，它們是否存在那些共同的變化規律。 按照注釋的層級進行分類匯總，無論是Excel還R操作起來，都是很麻煩的過程。這裡我們使用QIIME內建的指令碼summarize_taxa.py。

# 結果按門、綱、目、科、屬五個層級進行分類匯總，對應結果的L2-L6summarize_taxa.py -i result/otu_table4.biom -o result/sum_taxa # summary each level percentage# 修改一下文本表頭，適合R讀取的表格格式sed -i '/# Const/d;s/#OTU ID.//g' result/sum_taxa/* # format for R read# 以門為例查看結果less -S result/sum_taxa/otu_table4_L2.tx

以門為例，我們看到樣品的OTU分布在19個門，及每個門在各樣品中的相對比例。其它的各層級，使用者自己看吧。 這步的結果將用於後期統計和繪圖。 20. 篩選可展示的進化樹我們在文章中看到幾種漂亮的進化樹，但是OTU通常成百上千，如果直接展示是根本看不清也是極醜的。下面教大家一些通常的方法來篩選資料，用於產生漂亮的進化樹。

# 選擇OTU表中丰度大於0.1%的OTUfilter_otus_from_otu_table.py --min_count_fraction 0.001 -i result/otu_table4.biom -o temp/otu_table_k1.biom# 獲得對應的fasta序列filter_fasta.py -f result/rep_seqs.fa -o temp/tax_rep_seqs.fa -b temp/otu_table_k1.biom # 統計序列數量，104條，一般100條左右即有大資料的B格，又能讀懂和更清規律和細節grep -c '>' temp/tax_rep_seqs.fa # 104# 多序列比對clustalo -i temp/tax_rep_seqs.fa -o temp/tax_rep_seqs_clus.fa --seqtype=DNA --full --force --threads=30# 建樹make_phylogeny.py -i temp/tax_rep_seqs_clus.fa -o temp/tax_rep_seqs.tree# 格式轉換為R ggtree可用的樹sed "s/'//g" temp/tax_rep_seqs.tree > result/tax_rep_seqs.tree # remove '# 獲得序列IDgrep '>' temp/tax_rep_seqs_clus.fa|sed 's/>//g' > temp/tax_rep_seqs_clus.id# 獲得這些序列的物種注釋，用於樹上著色顯示不同分類資訊awk 'BEGIN{OFS="\t";FS="\t"} NR==FNR {a[$1]=$0} NR>FNR {print a[$1]}' result/rep_seqs_tax_assignments.txt temp/tax_rep_seqs_clus.id|sed 's/; /\t/g'|cut -f 1-5 |sed 's/p__//g;s/c__//g;s/o__//g' > result/tax_rep_seqs.tax

21. 其它其它都是一些簡單的格式轉換，為後面統計分析而準備檔案。

# 將mappingfile轉換為R可讀的實驗設計sed 's/#//' mappingfile.txt > result/design.txt# 轉換文本otu_table格式為R可讀sed '/# Const/d;s/#OTU //g;s/ID.//g' result/otu_table4.txt > result/otu_table.txt# 轉換物種注釋資訊為定位字元分隔，方便R讀取sed 's/;/\t/g;s/ //g' result/rep_seqs_tax_assignments.txt > result/rep_seqs_tax.txt