生物資訊學練習1-綜合使用軟體

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本次的任務是對三組兒童的腸道宏基因組測序序列進行資料採礦。我負責的是2-3 years old，control，十個雙端測序資料。

*****************************************我是分割線***********今天沒有心情賣萌**************************************************************

Step1:

建立檔案夾：20161205

使用人的基因組作為參考序列，先進行比對，看資料品質。

bowtie2-build /home/pxy7896/Desktop/20161205/GCF_000001405.35_GRCh38.p9_genomic.fna human

 

 

 

 

 

 

 

 

Step2:

查看資料的品質。是否與人類基因組近似？

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

這裡只以兩組為例，資料品質比較好吧，所以不需要去除人的基因組的幹擾。

 

Step3:

描述物種分類

forf in *.fastq.gz

do

metaphlan2.py$f --input_type fastq --nproc 4 > ${f%.fastq.gz}_profile.txt

done

合并表格

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/merge_metaphlan_tables.py*_profile.txt > merged_abundance_table.txt

繪製熱圖：

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/metaphlan_hclust_heatmap.py-c bbcry --top 25 --minv 0.1 -s log --in merged_abundance_table.txt--out result/abundance_heatmap.png

感覺應該把pe-1和pe-2放在一起，而且pe-1和pe-2的差距本就不大。所以嘗試合并的情況：

IDs="G45084G45072 G45071 G45109 G45125 G45124 G45049 G45054 G45121 G45099"

fors in ${IDs}

do

metaphlan2.py${s}_pe_1.fastq.gz,${s}_pe_2.fastq.gz --bowtie2outresult1/${s}.bowtie2.bz2 --nproc 5 --input_type fastq >result1/profiled_${s}.txt

done

查看cpu情況：

 

 

 

 

 

 

然後合并表格：

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/merge_metaphlan_tables.pyprofiled_*.txt > merged_abundance_table.txt

重新繪製熱圖：

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/metaphlan_hclust_heatmap.py-c bbcry --top 25 --minv 0.1 -s log --in merged_abundance_table.txt--out abundance_heatmap.png

修改命令，展示所有的種類，而非top25，並修改精度為 0.01

/home/pxy7896/Downloads/metaphlan2/utils/metaphlan_hclust_heatmap.py-c bbcry --minv 0.01 -s log --in merged_abundance_table.txt --outabundance_heatmap_2.png

PS:

1.單獨查看記憶體使用量情況的命令：free-m;查看記憶體及cpu使用方式的命令：top，再輸入1

也可以安裝htop工具，sudoapt-get install htop

安裝完後，直接輸入命令：htop

2.遠端連線

http://www.linuxidc.com/Linux/2016-06/132442.htm

參考上面這篇設定好ubuntu後，記錄ubuntu的ip地址（ifconfig）

然後在win7下使用軟體RealVNC，輸入ip和密碼即可。

https://www.realvnc.com/download/viewer/

 

生物資訊學練習1-綜合使用軟體