生物資訊學練習1-綜合使用軟體-2

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使用humann2:

===================參考晨宇大大的學習文檔==========================

HUMAnN2是描述微生物代謝通路的。使用宏基因組或宏轉錄組的序列資訊。

 

 

http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2

安裝的順序是：Bowtie2 ===> Metaphlan2 ===> HUMAnN2

（個人建議安裝anaconda，裡面整合了多個python包，安裝其他軟體的時候就不用擔心缺少什麼numpy、scipy這些額外的python包了。）

安裝沒什麼可講的，下載安裝包（源碼），解壓，設定環境變數就可以了。要注意的是HUMAnN2依賴於兩個資料庫（ChocoPhlAn和UniRef），他的安裝包裡面只有這兩個資料庫的DEMO版本。所以我們首先要下載完整的版本。使用迅雷，簡單粗暴（微笑臉）

ChocoPhlAn：http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2_data/chocophlan/full_chocophlan_plus_viral.v0.1.1.tar.gz

UniRef：http://huttenhower.sph.harvard.edu/humann2_data/uniprot/uniref_ec_filtered/uniref90_ec_filtered_1_1.tar.gz

配置：

 

 

我用迅雷下載的檔案有問題，解壓之後是空的==所以使用命令下載：

humann2_databases --download chocophlan full /home/pxy7896/Downloads/humann2/humann2/data/chocophlan_FULL4

該命令會自動設定資料庫的路徑，所以放著就可以了。

IDs="G45084 G45072 G45071 G45109 G45125 G45124 G45049 G45054 G45121 G45099"

for s in ${IDs}

do

humann2 --input ${s}_pe_1.fastq.gz --output /home/pxy7896/Desktop/20161205/result2

humann2 --input ${s}_pe_2.fastq.gz --output /home/pxy7896/Desktop/20161205/result2

done

運行了一晚，產生了很多很多檔案。。。

 

 

生物資訊學練習1-綜合使用軟體-2