Circos在windows環境下啟動並執行詳細教程

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################### 一、下載安裝circos及perl ####################
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1. 安裝Perl
運行circos需要Perl來編譯其各種code，unix環境預設安裝Perl的，而對於windows使用者來說，需要自己安裝，也可以通過Perl –v 確認是否已安裝。可以安裝 Strawberry Perl或者ActiveState Perl都可以通過CPAN shell來安裝模組。（模組安裝見第二步）

2、circos安裝和運行
1)下載安裝檔案：在 http://www.circos.ca/software/download/circos 頁面下載circos安裝檔案。比如Circos-0.66.tgz. 把此壓縮檔解壓，放到我們想安裝的地方，比如C:\Circos-0.66，裡面所對應的檔案如下：
circos-0.66
CHANGES
README
TODO
bin/
etc/
fonts/
lib/
tiles/
tools/

2)下載tutorials
在http://www.circos.ca/software/download/tutorials 頁面下載 circos tutorial檔案，比如circos-tutorials-0.66.tgz , 將其解壓，把所有檔案放到C:\Cicos-0.66下。
data/
tutorials/

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################### 二、配置Perl module 模組 ####################
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1、安裝Perl modules：運行Perl 需要將以下modules都安裝起來
Config::General (v2.50 or later)
Font::TTF
GD
List::MoreUtils
Math::Bezier
Math::Round
Math::VecStat
Params::Validate
Readonly
Regexp::Common
Set::IntSpan (v1.16 or later)
Text::Format

2、安裝module方法：（以GD module為例）
①將這些module下載：網址：http://search.cpan.org/ 
②解壓到perl安裝目錄下的lib目錄中；
③開啟cmd；進入當前lib檔案夾下的module檔案夾：cd C:\perl\lib\GD
④再輸入：perl Makefile.PL
⑤再輸入：dmake
⑥再輸入：dmake test
⑦再輸入：dmake install

接下來的其他module按類似的步驟，全部配置好，防止將來跑程式出錯。

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################### 三、運行circos提供的例子 ####################
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1、進入example目錄：cd C:\circos-0.66\example
2、調試第一個例子：perl ..\bin\circos -conf .\etc\circos.conf
3、調試第二個例子：perl ..\bin\circos -conf ..\tutorials\2\2\circos.conf
4、調試第三個例子：跑這個程式之前得在example目錄建立一個目錄new_output，再輸入以下代碼
perl ..\bin\circos -conf ..\tutorials\2\2\circos.conf -outputdir .\new_output -outputfile tutorial_image.png