c++與perl在Regex運算速度上的比較

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寫了兩組代碼檔案，組內代碼功能相同：

testv.pl vs testv.cpp

testreg.pl vs testreg.cpp

代碼如下：

////////testreg.cpp/////////
#include<iostream>
#include<fstream>
#include<regex>
using namespace std;
int main(int argv, char ** argc)
{
    fstream in(argc[1], fstream::in);
    int line_count;
    string line_content;
    regex reg("[ATCG]");
    while(getline(in, line_content))
    {
        line_count++;
        if(line_count % 4 == 2)
        {
            if(regex_search(line_content, reg))
            {
                cout<<1<<endl;
            }
        }
    }
    return 0;
}
////////testreg.pl/////////
#!/usr/bin/perl
use strict;
use 5.010;
my $file = shift;
open SEQ, ‘<‘, $file or die "$!";
while(<SEQ>) {
        chomp;
        if($. % 4 == 2) {
        if(/[ATCG]/) {
            say 1;
        }
    }
}
////////testv.cpp/////////
#include<iostream>
#include<fstream>
#include<unordered_map>
using namespace std;
int main(int argv, char ** argc)
{
    fstream in(argc[1], fstream::in);
    int line_count;
    string line_content;
    typedef unordered_map<string, int> mapdef;
    mapdef mymap;
    while(getline(in, line_content))
    {
        line_count++;
        if(line_count % 4 == 2)
        {
            mymap[line_content]++;
        }
    }
    cout<<mymap.size()<<endl;
    return 0;
}
////////testv.pl/////////
#!/usr/bin/perl

use strict;
use 5.010;

my $file = shift;
open SEQ, ‘<‘, $file or die "$!";
my %hash;
while(<SEQ>) {
    chomp;
    if($. % 4 == 2) {
        $hash{$_}++;
    }
}
say scalar(keys %hash);

使用shell命令，計算已耗用時間，結果如下：

time perl testv.pl Input

time ./a.out Input

time perl testreg.pl Input | wc -l

time ./a.out Input | wc -l

	real	user	sys
testv.pl	0m0.141s	0m0.121s	0m0.011s
testv.cpp	0m0.077s	0m0.054s	0m0.012s
testreg.pl	0m0.142s	0m0.122s	0m0.006s
testreg.cpp	0m0.251s	0m0.104s	0m0.137s

其中，Input是fastq檔案，含有54914DNA序列。

可以看出在涉及Regex運算時， c++明顯不佔優勢，要卡一兩面才輸出結果

c++與perl在Regex運算速度上的比較