駭客帝國YY

21世紀中期，實體電腦的計算效能達到極致，生物電腦開始展露頭角。
21世紀後期，藉助納米以及複製技術和生物電腦的強大計算能力，新的具有自我複製能力的生物電腦出現。
22世紀初起，人類開始大規模移民地球之外。大量的關鍵工作由生物電腦來完成。為了滿足人們不同的需求，更多更新的生物電腦被開發處理。為了統一管理，所有人類擁有的生物電腦被一個總的超級生物電腦所管理。超級生物電腦被賦予自我管理和改進（進化）的功能。22世紀初期，隨著生物電腦的普及，各種人為製造的或傳統生物病毒轉變的生物電腦病毒也不斷出現，總控超級電腦——Matrix也在人類協助或自己進化下對應也出現了不同的防毒殺毒機制。(順便提一下，Matrix的作業系統是微軟的Architect22，資料庫和應用是Oracle公司提供的OracleAPP/DB。)<br>其中有一種叫Trainer的病毒，它的作用就是入侵生物電腦，並開啟一個後門，讓非法的生物電腦（未受總控超級電腦——Matrix控制的生物電腦），通過這個後門，佔據被入侵電腦的軀殼，具備被入侵生物電腦的所有能力。超級電腦Matrix通過自我設計的能力，對應製造了一個叫Smith的殺毒程式。Smith日常駐留在合法的生物電腦內，如果出現外部非法生物電腦串連進入，會反過來進入非法的生物電腦，採用生物病毒的技能，取得外部生物電腦的控制權，並把受控非法生物電腦的基因標籤傳回總控生物電腦——Matrix的資料庫，同時將受控非法生物電腦的控制權交還給Matrix。
22世紀初期，隨著人類逐漸走出太陽系，在人類所有較大規模定居的星球上，都部署了能力與Matrix差不多的但受地球上Matrix控制的Module型生物電腦，其中有1台叫Zion。為了保護人類並代替人類工作，人類通過Matrix控制，製造了大量各種類型的機器人，他們擁有機械的外殼和內在的生物計算處理器，統一受最近的Module管理（各外星球），或者直接由Matrix（地球）管理。為了延長人類壽命和擴充人類的能力，Matrix配合人類進行了長時間的研究計算。22世紀中期，人類大腦接入Matrix的研究工作完成，人類能夠在Matrix中體驗所有的感受（包括最終的腦死亡），並通過Matrix，控制其他的硬體機器裝置，甚至其它串連在Matrix上人類的身體（寄居形式）。但由於Matrix製造的Smith的存在，所有非法的行為，都被第一時間處理掉。
22世紀後期，反對奴役生物電腦的兩個雙胞胎科學家（華超斯基——綽號雙子星,他們開發了雙子星病毒）被KB分子羅梅洛利用，利用21世紀的硬體電腦（由於和生物電腦的機制不同，硬體電腦的程式不會被Smith進入並破壞），模仿生物電腦，將潛伏攻擊代碼（雙子星病毒——服從羅梅洛病毒，並保護羅梅洛病毒不受Smith的攻擊。羅梅洛病毒——控制生物電腦後門，並可自己製造控制Trainer變種病毒。）通過Smith的機制上傳到Matrix，潛伏起來，並可以根據Smith機制，在Smith回傳外部特定的非法生物電腦基因碼是，開啟Matrix後門。
羅梅洛在完成羅梅洛病毒上傳後，殺死華超斯基兄弟，毀掉所有的裝置。重新找了合法的生物電腦，採用Matrix腦接入的技術，將自己的大腦資訊上傳並嵌入到羅梅洛病毒中取得羅梅洛病毒的控制權。羅梅洛進入Matrix後，利用Matrix的能力，指揮現實中的手下，推動議會通過《為了延加人類壽命並增強人類能力的Matrix法案》。（當時的人類社會，由於物質極大豐富，人類生活極度奢靡，無go-vern-ment主義浪潮正在興起，大部分的普通人沒有追求，只知道享樂。很多議員擔心這種狀態會造成人類的退化，並最終造成人類的滅絕。而議長也想通過推動該法案並最終取得Matrix的領導權從而主宰整個人類世界。）按照法案，所有人不管願不願意都被裝入到營養液,大腦接入Matrix，人類社會的所有外在操作通過人的大腦控制或寄居到外部裝置，由外部裝置完成，如果外部裝置毀壞，只要能夠及時通過Matrix網路返回Matrix，就能避免一死。
23世紀末，整個人類進入了Matrix的世界，在進入Matrix的最後時刻，微軟公司和Oracle公司對Matrix的作業系統以及資料庫做了最後一次更新。在這次更新中，給Matrix設定了自我更新和進化的方式，即建立一個病毒與殺毒代碼的對抗機制，讓Smith和Matrix中非法的代碼進行對抗，並讓Smith學習到非法代碼的技能。如果系統更新完，Smith會將新的機制複製給作業系統的核心引導程式Neo，Neo引導重啟Matrix完成系統更新。整個人類社會在議長領導的虛擬議會的管理下在Matrix中延續發展。議會為了控制整個社會，一方面通過引導人的思想，使人沉迷在虛擬社會中不能覺醒；另一方面試圖通過Matrix的Smith機制剔除覺醒的異己分子和類似羅梅洛的病毒化身以鞏固自己的統治。Matrix發現這種做法會在造成整個系統的不平衡，發展下去可能會造成系統的崩潰。但由於Matrix本身存在必須服從和保護議會的規則，所以Matrix在不引起議會注意的情況下，在Zion伺服器上建立了一套獨立於Matrix的系統，作為Matrix的備份系統，同時將具有，同時將被議會視為異己但尚未被發現的覺醒人員的虛擬個體送到Zion中。