當你串連一個MySQL伺服器時，你通常應該使用一個口令。口令不以明文在串連上傳輸。
所有其它資訊作為能被任何人讀懂的文本被傳輸。如果你擔心這個，你可使用壓縮協議(MySQL3.22和以上版本)使事情變得更難。甚至為了使一切更安全，你應該安裝ssh（見http://www.cs.hut.fi/ssh)。用它，你能在一個MySQL伺服器與一個MySQL客戶之間得到一個加密的TCP/IP串連。
為了使一個MySQL系統安全，強烈要求你考慮下列建議：
對所有MySQL使用者使用口令。記住，如果other_user沒有口令，任何人能簡單地用mysql -u other_user db_name作為任何其它的人登入。對客戶機/伺服器應用程式，客戶可以指定任何使用者名稱是常見的做法。在你運行它以前，你可以通過編輯mysql_install_db指令碼改變所有使用者的口令，或僅僅MySQL root的口令，象這樣：
shell> mysql -u root mysql
mysql> UPDATE user SET Password=PASSWORD('new_password')
WHERE user='root';
mysql> FLUSH PRIVILEGES;
不要作為Unix的root使用者運行MySQL守護進程。mysqld能以任何使用者運行，你也可以創造一個新的Unix使用者mysql使一切更安全。如果你作為其它Unix使用者運行mysqld，你不需要改變在user表中的root使用者名稱，因為MySQL使用者名稱與Unix 使用者名稱沒關係。你可以作為其它Unix使用者編輯mysql.server啟動指令碼mysqld。通常這用su命令完成。對於更多的細節，見18.8 怎樣作為一個一般使用者運行MySQL。
如果你把一個Unix root使用者口令放在mysql.server指令碼中，確保這個指令碼只能對root是可讀的。
檢查那個運行mysqld的Unix使用者是唯一的在資料庫目錄下有讀/寫入權限的使用者。
不要把process許可權給所有使用者。mysqladmin processlist的輸出顯示出當前執行的查詢本文，如果另外的使用者發出一個UPDATE user SET password=PASSWORD('not_secure')查詢，被允許執行那個命令的任何使用者可能看得到。mysqld為有process許可權的使用者保留一個額外的串連, 以便一個MySQL root使用者能登入並檢查，即使所有的正常串連在使用。
不要把file許可權給所有的使用者。有這許可權的任何使用者能在擁有mysqld守護進程許可權的檔案系統那裡寫一個檔案！為了使這更安全一些，用SELECT ... INTO OUTFILE產生的所有檔案對每個人是可讀的，並且你不能覆蓋已經存在的檔案。file許可權也可以被用來讀取任何作為運行伺服器的Unix使用者可存取的檔案。這可能被濫用，例如，通過使用LOAD DATA裝載“/etc/passwd”進一個資料庫表，然後它能用SELECT被讀入。
如果你不信任你的DNS，你應該在授權表中使用IP數字而不是主機名稱。原則上講，--secure選項對mysqld應該使主機名稱更安全。在任何情況下，你應該非常小心地使用包含萬用字元的主機名稱
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