Homer 的Mac安裝及使用

基本能夠比較熟練地操作Linux和Windows，但是Mac還是不很熟練，今天也在Mac上面折騰了不少時間。

Homer是一個分析DNA motif的程式，需要先安裝，再使用。

首先，來這裡http://biowhat.ucsd.edu/homer/introduction/install.html下載一個安裝指令碼configureHomer.pl.

cd到所在目錄，然後 perl configureHomer.pl -install即可安裝

當然，它會有一些dependency，所以需要下載一些dependency如samtools、blat等等（需要仔細看說明）後即可

接著，安裝好後會給你一個path，讓你貼到.bashrc後面即可。在ubuntu中很容易，只要sudo gedit /etc/.bashrc即可；但是奇怪的是在mac中我總是無法啟用修改的許可權，即使用root（sudo -s)也不行。我只好在我的home檔案夾下建立一個/foreverycc/.bashrc file，然後把一些path貼到這裡。只要source一下即可 source /Users/foreverycc/.bashrc 

此時，type一下findMotifs.pl即會出現數個選項！

.bashrc檔案的目的就是能夠讓你的程式能夠直接在bash上面使用。

 

###Homer 的使用 ###

我現在使用的主要就是一個叫做findMotifs.pl的程式

使用規則： findMotifs.pl　　input file　　genome set　　output directory　　-bg 　　background file

如：

findMotifs.pl Homer_Test/Top_170_Features_Symbol_HMHE_HMLE.txt human Homer_Result/Top_170_Features_BG_HMHE_HMLE/ -bg Homer_Test/Background_Features.txt

然後等待結果就好了～