Linux系統 awk sed R指令碼 python指令碼傳入變數，awkpython

Linux系統 awk sed R指令碼 python指令碼傳入變數，awkpython

sed 傳入變數：

1  chrI="chr2";sed -n "/$chrI/p" clippointpos.csv  #變數用$var表示，把sed的單引號變為雙引號即可

awk 傳入變數：

1 chrI="chr2";awk '/'"$chrI"'/{print $0}' clippointpos.csv  #變數用$var表示，變數兩邊再加上'"

R指令碼傳入變數：

1 arg <- commandArgs(T)2 filename=arg[1]3 outputfile=arg[2]

python指令碼傳入變數：

1. OptionParser傳參

 1 from optparse import OptionParser 2 def main(): 3     usage = "usage: %prog [options] arg" 4     parser = OptionParser(usage) 5     parser.add_option("-f", "--file", dest="filename", 6                       help="read data from FILENAME") 7     parser.add_option("-v", "--verbose", 8                       action="store_true", dest="verbose") 9     parser.add_option("-q", "--quiet",10                       action="store_false", dest="verbose")11     (options, args) = parser.parse_args()12     if options.verbose:13         print "reading %s..." % options.filename14    15 16 if __name__ == "__main__":17     main()

2.sys模組傳入變數

1 import sys2 print sys.argv[0]  #python程式名3 print sys.argv[1]  #傳入的第一個變數