MrBayes v3.2 for windows 並行版下載及 checkpoint 功能介紹

 (作者：瑪瑙河，轉載請註明作者或出處，)　　　更新記錄:　　2010.06.23 svn r80　　2010.06.13 svn r78　　2010.06.01 svn r76           MrBayes 3.2版中加入了checkpoint功能，即可以儲存檢查點，在由於意外事件重啟後仍可以從檢查點處繼續運行，以免白費功夫。

　　另外MrBays也支援並行計算，可以充分利用多核電腦乃至網路叢集的計算能力，大大縮短計算時間。 並行版的效率相當不錯。在我的雙核(T7400)筆記本上，運行MrBayes examples目錄中的指令碼model_test.nex，並行版耗時13分半鐘，非並行版耗時21分半鐘；與非並行版相比，並行版效率提高了37%。在4核羿龍940上，已耗用時間比非並行版約縮短了2/3 。

　　本人編譯了 MrBayes v3.2 32位並行版及單機版(下載)供大家使用，下面是安裝及使用方法： 

1. 以系統管理員身份安裝MPICH2運行時。

　　並行版的MrBayes需要MPICH2運行時的支援。如果系統中已經安裝了老於1.2.1p1版本的MPICH2，請將其卸載。(如果您安裝了POY，請到POY安裝目錄下執行uninstall_mpi.bat) 。並行版的 MrBayes依賴於1.2.1p1版的MPICH2運行時，MPICH2運行時官網為：
http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/1.2.1p1/mpich2-1.2.1p1-win-ia32.msi　　下載後以系統管理員身份將其安裝到某個目錄，預設將安裝到 C:\Program Files\MPICH2\, 你也可以安裝到別的地方，如 C:\mpich2\。注意以系統管理員身份安裝很重要，否則安裝後不能正常使用。安裝過程中會要求設定一個密碼，請記住該密碼，在以後會用得上(如果在叢集上配置MPICH2，則在每台機器上都應用相同的密碼安裝）。當需要您選擇為哪個使用者安裝時，最好選擇“for Everyone"。如果安裝成功，系統服務中會增加一個“MPICHE Process Manager”的服務。安裝過程及以後運行mb的過程中如遇到防火牆警告，請選擇同意。並行版的mrbayes需要通過網路連接埠實現進程通訊，如果被防火牆阻斷則將不能正常運行。在vista/win7下如果遇到安裝後不能正常運行並行版的MrBayes的問題，說明MPICH2沒能正常安裝，可以以管理員身份開啟一個命令列視窗，在命令列中運行 mpich2-1.2.1p1-win-ia32.msi ，應當可以解決問題。2.下載本人編譯的MrBayes 3.2 並行版 (本人將根據源碼庫更新情況隨時更新）

　　： http://files.cnblogs.com/agateriver/mrbayes_3.2_for_Windows_%E5%B9%B6%E8%A1%8C%E7%89%88.7z 

　　將其中的並行版解壓到某個目錄，比如C:\mrbayes_3.2\。(解壓時請使用支援7zip壓縮格式的解壓縮軟體如7-Zip/winrar等)3. 運行並行版的mb　　下面只講如何在多核的單機上運行。　　開啟命令列視窗。假設你的CPU有4個核，工作目錄在c:\workdir，則根據下述情況輸入相應的命令運行並行版的mb（其間如果需要賬戶名和密碼，請輸入您當前登入的賬戶名和密碼，注意此密碼與前面安裝MPICH2時輸入的密碼不是一回事）：

a. 互動式運行 

1 cd c:\workdir
2 "C:\Program Files\MPICH2\bin\mpiexec" -n 4 C:\mrbayes_3.2\mb.exe

b. 運行指令碼 

　　如果用mb直接執行一個MrBayes指令碼(假設這個指令碼就是c:\workdir\demo.nex)，則用如下命令：1 cd c:\workdir
2 "C:\Program Files\MPICH2\bin\mpiexec" -n 4 C:\mrbayes_3.2\mb.exe demo.nex

 

4. 如果您想多機並行 MrBayes ，請網上搜尋 MPICH2  windows 版的相關使用教程。 

 

關於3.2版的checkpoint功能

　　MrBayes通過mcmc命令中的三個參數checkpoint、checkfreq、append來控制檢查點的儲存。具體大家可以在MrBayes中輸入"help mcmc"命令然後查看"checkpoint"和"checkfreq"等節的說明：

   Checkpoint   -- 如果這個參數被設為 Yes（預設為Yes)，則每隔Checkfreq參數所指定的代數，所有鏈的當前參數值都會被輸出到檢查點檔案儲存。檢查點檔案名稱形如 .ckp，當你重啟分析時，分析過程可以從這個檔案最後所記錄的檢查點的狀態開始，而不必從頭開始進行。這個功能的好處有二：第一就是延長分析過程，比如在設定的代數跑完以後你發現代數還不足夠，需要繼續；第二就是避免因硬體故障或其它不可控原因宕機而導致的風險，試想你運行了一個月，眼看就要出結果了，卻碰上斷電事故（很不幸筆者前不久就碰上了)，如果沒有檢查點功能，恐怕眼睛都得急的蹦出來。

   Checkfreq    -- 儲存檢查點的頻率，就是每隔多少代儲存一次，預設100000。

   Append       -- 是否從最後儲存檢查點繼續運行分析。

 

下面是一個Mrbayes指令碼:

1 begin mrbayes;
2 exec example.nex;
3 lset nst=6 rates=invgamma;
4 mcmc ngen=20000000 stoprule=yes stopval=0.01 checkpoint=yes checkfreq=50000;
5 sump relburnin=yes burninfrac=0.25;
6 sumt relburnin=yes burninfrac=0.25;
7  end;

 假設你有一個很大的資料集example.nex，並且運行這個指令碼已經幾個星期了，但是突然被某個毛頭師兄弟碰掉了電源插頭，這時你可以假裝懊惱一下，好讓那個毛頭師兄稍微有點內疚感，:)。重新開機後，像下面一樣將指令碼的第四行末尾加上append=yes，然後重新運行，MrBayes就會從最後的檢查點處繼續運行你的分析了。

1 begin mrbayes;      2 exec example.nex;
3 lset nst=6 rates=invgamma;
4 mcmc ngen=20000000 stoprule=yes stopval=0.01 checkpoint=yes checkfreq=50000 append=yes;
5 sump relburnin=yes burninfrac=0.25;
6 sumt relburnin=yes burninfrac=0.25;
7  end;