perl 截取 fastq檔案

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#!/usr/bin/perl -wuse warnings;use strict;my $usage = qq{$0 input_fastq trim_length};die "$usage\n" if scalar @ARGV != 2;my ($fastq, $trim_length) = @ARGV;open(FASTQ, $fastq) or die "Can‘t open $fastq\n";while (my $readid = <FASTQ>) {        chomp $readid;        chomp (my $sequence  = <FASTQ>);        chomp (my $comment   = <FASTQ>);        chomp (my $quality   = <FASTQ>);        my $sub_seq      = length $sequence < $trim_length ? $sequence : substr $sequence, 0, $trim_length;        my $sub_quality  = length $sequence < $trim_length ? $quality  : substr $quality,  0, $trim_length;        print qq{$readid\n$sub_seq\n$comment\n$sub_quality\n};}close FASTQ;

fastq 檔案每4行代表一條序列， 利用一個迴圈，每次讀取4行，然後處理；

當讀到檔案結尾時，$readid 為空白，迴圈終止，

基本思路是看defuse (檢測融合基因的工具)的原始碼看到的， 裡面有一個trim_fastq.pl  指令碼，自己稍微修改了下；

以前都是用python的， 新的公司都是用perl的， 還好都是指令碼語言， 理解起來也比較輕鬆。

perl 截取 fastq檔案