perl 讀取所需檔案的路徑,然後開啟相應的檔案

來源:互聯網
上載者:User

以下是DNA序列,儲存在window下F:\perl\data.txt裡面:

複製代碼 代碼如下:AAAAAAAAAAAAAAGGGGGGGTTTTCCCCCCCC
CCCCCGTCGTAGTAAAGTATGCAGTAGCVG
CCCCCCCCCCGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTAT
AAACG

下面是程式:

複製代碼 代碼如下:#下面的程式是用來計算一段DNA序列中ATGC的數量的

#首先定義四種堿基的數量為0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#首先要先把序列進行合并成一行

#先確定所要處理的檔案的路徑及檔案名稱(在windows系統下面要按照這樣的例子寫
#f:\\perl\\data.txt
print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n";
chomp($dna_filename=<STDIN>);
#開啟檔案
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#將檔案賦予一個數組
@DNA=<DNAFILENAME>;

#以下兩步要把所有的行合并成一行,然後去掉所有的空白符
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s/\s//g;

#將DNA分解成,然後賦值到數組
@DNA=split('',$DNA);

#然後依次讀取數組的元素,並對四種堿基的數量進行統計
foreach $base(@DNA)
{
if ($base eq 'A')
{
$count_A=$count_A+1;
}
elsif ($base eq 'T')
{
$count_T=$count_T+1;
}
elsif ($base eq 'C')
{
$count_C=$count_C+1;
}
elsif ($base eq 'G')
{
$count_G=$count_G+1;
}
else
{
print "error\n"
}
}
#輸出最後的結果
print "A=$count_A\n";
print "T=$count_T\n";
print "C=$count_C\n";
print "G=$count_G\n";

下面是啟動並執行結果:複製代碼 代碼如下:F:\>perl\a.pl
please input the Path just like this f:\\perl\\data.txt
f:\\perl\\data.txt
error
A=40
T=17
C=27
G=24

F:\>

大家可能觀察到有一個error的出現,這是為什麼呢?

大家仔細看一看最上面的原始 DNA序列,用特殊顏色標記的,可以看到有一個V,所以會輸出錯誤。

這裡把DNA序列經過整合成一行,然後去除所有的空白字元以後,又把$DNA通過split函數變成了數組,然後進行統計,那有沒有更好的辦法呢?

其實perl裡有一個函數,substr。

我們先來看一看這個函數的用法,substr是針對一個大字串的操作符(The substr function works with only a part of a larger string )言外之意就是對一個很長的字串,進行片段化處理,取其中的一部分。我們這裡用到的就是這個特性。

$little_string =substr($large_string,$start_position,$length)

$小片段=substr($大片段,$你要截取的小片段的起始位置,$你要截取的長度)

我們這裡為了統計DNA中各種堿基的數量,所以要處理的字串是一個堿基,所以我們要把$length設定為1。這樣才能夠滿足我們的需求。

下面我們把修改過的代碼寫下:

複製代碼 代碼如下:#下面的程式是用來計算一段DNA序列中ATGC的數量的

#首先定義四種堿基的數量為0
$count_A=0;
$count_T=0;
$count_C=0;
$count_G=0;
#首先要先把序列進行合并成一行

#先確定所要處理的檔案的路徑及檔案名稱(在windows系統下面要按照這樣的例子寫
#f:\\perl\\data.txt
print "please input the Path just like this f:\\\\perl\\\\data.txt\n";
chomp($dna_filename=<STDIN>);
#開啟檔案
open(DNAFILENAME,$dna_filename)||die("can not open the file!");
#將檔案賦予一個數組
@DNA=<DNAFILENAME>;

#以下兩步要把所有的行合并成一行,然後去掉所有的空白符
$DNA=join('',@DNA);
$DNA=~s/\s//g;

#然後依次讀取字串的元素,並對四種堿基的數量進行統計
for ($position=0;$position<length $DNA;++$position)
{
$base=substr($DNA,$position,1);
if ($base eq 'A')
{
$count_A=$count_A+1;
}
elsif ($base eq 'T')
{
$count_T=$count_T+1;
}
elsif ($base eq 'C')
{
$count_C=$count_C+1;
}
elsif ($base eq 'G')
{
$count_G=$count_G+1;
}
else
{
print "error\n"
}
}
#輸出最後的結果
print "A=$count_A\n";
print "T=$count_T\n";
print "C=$count_C\n";
print "G=$count_G\n";

得到的結果如下:

複製代碼 代碼如下:F:\>perl\a.pl
please input the Path just like this f:\\perl\\data.txt
f:\\perl\\data.txt
error
A=40
T=17
C=27
G=24

F:\>

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