Pthon批量處理將pdb檔案產生dssp檔案

Pthon批量處理將pdb檔案產生dssp檔案

 　　這篇文章主要介紹了Pthon批量處理將pdb檔案產生dssp檔案,通過本例主要學習遍曆目錄下檔案的方法,需要的朋友可以參考下

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# -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015   @author: chaofn """ import os   """ 這個程式的目的是將linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目錄中的所有檔案（一共有215個檔案） 批處理 將pdb檔案產生dssp檔案   """ #listdir返迴文件名的列表 fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb') #遍曆整個列表 for i in range(len(fileLine)-1): #將字串用變數表示 input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i] #先去掉檔案名稱的尾碼，然後形成尾碼為dssp的檔案名稱 out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp' output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file #注意：參數的傳遞（先是%s，然後是%變數名），多個變數的傳入要用元組表示，在元組前用% os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))