python實現DNA序列字串轉換，互補鏈，反向鏈，反向互補鏈

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在生物資訊學分析中，經常對DNA序列進行一系列操作，包括子序列截取，互補序列擷取，反向序列擷取，反向互補序列擷取。在python語言中，可編寫如下函數完成這些簡易功能。

子序列截取

python中對序列截取使用字串切片功能就可以完成，例如：

>>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg">>> subseq = seq[1:6]>>> subseq"TGATA"

 

注意，切片操作是“0-base”的，包左不包右。

互補序列擷取

比較常見的做法是定義一個堿基替換字典，如下所示：

def complement(s)：    basecomplemt = {         "A":"T",          "T":"A",          "G":"C",          "C":G",          "a":"t",          "t":"a",          "g":"c",          "c":"g",          }    letters = list(s)    letters = [basecomplement[base] for base in letters]    return ‘‘.join(letters)

 

使用python3字串使用的translate方法

def complement(seq):    return seq.translate(str.maketrans(‘ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd‘, ‘TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh‘))

 

或python2 string包中的maketrans方法

from string import maketransdef complement(seq):    return seq.translate(maketrans(‘ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd‘, ‘TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh‘))

 

反向互補序列擷取

def revcomp(seq):     return complement(seq)[::-1]

參考資料

DNA反向互補序列擷取

python實現DNA序列字串轉換，互補鏈，反向鏈，反向互補鏈