python 正則匹配行開頭為‘>’的行

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因為fasta檔案格式通常為

>name1

ATGATAGTGTCTGTAGCTGACTGT

AGTGCTGTAGATAGCTAGCTAGTC

>name2

AGTCGATCGTAGTAGCTAGCTAGC

AGTCGATGCTAGCTAGCTACGAAA

需要識別每次以‘>‘開頭的行來區分每段編碼達到處理單條序列的目的，因此需要使用Regex來識別每次的名字行

1.規規矩矩的寫法

import refor line in open("aa.fasta"):    line = line.strip(‘\n‘)    regex = re.compile(‘^>‘)     m = re.match(regex,line)    if m is not None:        print line

輸出為所有開頭為‘>‘的行

2.可以把regex那行省略

import refor line in open("aa.fasta"):    line = line.strip(‘\n‘)    m = re.match(‘^>‘,line)    if m is not None:        print line

3.還可以把m省略

import refor line in open("aa.fasta"):    line = line.strip(‘\n‘)    if re.match(‘^>‘,line) is not None:        print line

以上三種輸出結果相同，都是輸出以‘>‘開頭的名字那行。

 

python 正則匹配行開頭為‘>’的行