利用mysql用戶端查詢UCSC資料庫

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UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 創立和維護的，該網站包含有人類、小鼠和大鼠等多個物種的基因組草圖和注釋資訊，並提供一系列的網頁分析工具。

• 1.MySQL安裝

本人使用的是Centos6.8系統，推薦使用yum安裝。

$ yum install -y mysql mysql-devel mysql-server

• 2.MySQLdb安裝

MySQLdb是MySQL的一個線程相容介面，提供了python資料庫API，推薦yum安裝。

$ yum install -y MySQL-python

• 3.使用指令碼geneInfo.py獲得基因（注，為geneSymbol名）的bed資訊

$ python geneInfo.py brca1

【參考列表】

UCSC資料庫

UCSC資料庫表結構

HGNC

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