R語言實現對基因組SNV進行注釋

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    很多時候，我們需要對取出的SNV進行注釋，這個時候可能會在R上進行注釋，通常注釋檔案都含有Chr(染色體)、Start(開始位點)、End(結束位點)、Description（描述），而我們的SNV檔案通常是擁有Position（位置），因此我們可以先定位Chr，再用Postion去定位到Start和End之間，找到相對應的Description。為了加快速度，可以使用二分尋找法。

 1 fregion <- function(df, value){ 2 #df:data.frame, V1 and V2 should be Start and End   value: Postition  used to find region  return:df row number where position locates  ,if no region return -1 3     low=1 4     high=nrow(df) 5     mid=high %/% 2 6     if (df[low,1] <= value & value <= df[low,2]) low 7     else if (df[high,1] <= value & value <= df[high,2]) high 8     else{ 9     while (value > df[mid,2] || value < df[mid,1]){10       if (value > df[mid,2]){11         low = mid+112       } else if (value < df[mid,1]) {13         high = mid - 114       } 15       if(high<low){16          mid=-1;break17       }18       mid=(low+high)%/%219     }20       mid21 }22 }

 

R語言實現對基因組SNV進行注釋