大型主機Linux系統安裝R及bsub提交R任務

linux系統的大型主機上安裝R需要在大型主機上編譯安裝R，大型主機上作業系統是CentOS 5.4。實際上，參考文獻2已經非常詳細地列出了如何在linux作業系統上安裝R。之所要要寫這篇博文，是因為我們現在面臨這樣一個問題 ：如果大型主機不能從網路直接下載R，而且大型主機上的R久久不得更新，同時大型主機的管理員不願意更新R？  安裝具體步驟：1 在CRAN上下載最新R版本的原始碼，即檔案以.tar.gz結尾2 解壓檔案 tar -zxvf R-*（“R-*是R的具體版本檔案資訊”）並進入解壓檔案夾3 注意查看“INSTALL”檔案，這個檔案簡要介紹了安裝步驟。之後，configure./configure --prefix=/home/me/R --enable-R-shlib （--enable-R-shlib保證了R package的共用）4 安裝之 make, make install5 因為安裝的R不是在root下，所以需要設定自己登入使用者的PATH和添加R_HOME和R_LIB路徑，設定方法是修改使用者路徑下的.bashrc檔案，"..."省略了安裝檔案路徑=====================================================# add R PATH# Source global definitions if [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrc fi export PATH=/home/.../R/bin:$PATH # R_HOME and R_LIB PATH=${R_HOME}/bin:$PATH export R_HOME=/home/.../R/bin/R export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library export LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}======================================================之後，在命令列輸入R，可以進入自己安裝的R，會有警告“WARNING: ignoring environment value of R_HOME”，這個不影響R的正常運行。  離線安裝R package通常我們在安裝R的package時候，是通過串連網路，然後直接使用函數install.packages( )。R會很聰明地將所有包的依賴關係搞定。但是，我們離線本地安裝R的*.tar.gz的package呢？同樣，使用install.packages( )函數，比如install.packages("mypkg.tar.gz", repos = NULL)。但是，需要自己根據“報錯資訊”安裝依賴的包。  命令列執行R CMD 為了能夠在BSUB系統上提交R作業，需要學會使用命令列運行R編寫的指令碼。在linux下可以使用R CMD BATCHd等一系列命令。具體使用方法查看文檔man R; man Rscript  第一種方法：R CMD BATCH [options] infile [outfile]options：預設--restore -- save --no-readline；--help 查看協助資訊；--version 查看R版本；--slave 只列印R指令碼的輸出，而不顯示指令碼具體執行情況；--no-timing 去除輸出文檔結束的已耗用時間輸出。outfile：如果沒有命名，會照搬infile名字+ .Rout其實，R CMD BATCH是 R CMD command [arguments]其中的一種，具體可以查看man R的文檔。問題：knitr是一個什麼角色？ 第二種方法：R [options] [< infile] [> outfile]options：--version 查看R版本；--slave 只列印R指令碼的輸出，而不顯示指令碼具體執行情況； --vanilla是 --no-save, --no-restore, --no-site-file, --no-init-file  and --no-environ的合體；--args 後面是需要傳遞的參數。 注意：options必須選擇--save，--no-save, --vanilla三個中的一個。比如編輯一個testR2.R檔案如下：===================================================================args <- commandArgs(TRUE)  # TRUE should be set to choose the right argumentspaste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ")===================================================================接著運行R --slave --vanilla --args tea coffee<testR2.R >testR.Rout查看輸出結果========================================$ cat testR.Rout[1] "I like tea and coffee !"======================================== 第三種方法：Rscript [--options] [-e expr] file [args]options中預設--slave --no-restore；--version 查看R版本；其他類似第二種方法中的說明。-e expr：可以通過expr輸入R的運算式，比如 -e 'name <- "tea"; source("testR.R")'args：是需要輸入指令碼的參數> file：輸出檔案 可以使用第三種方法，寫成R指令碼，之後放入系統運行。比如R指令碼testR.R：===================================================#! /usr/lib/R/bin/Rscript --vanilla args <- commandArgs(TRUE)# paste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ")print(args)=================================================== 執行R指令碼> chmod +x testR.R> ./testR.R tea coffee > testR.Rout 轉自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_61f013b80100yhef.html