值得指出的是,搜尋引擎最佳化服務中針對的搜尋引擎僅限於以蜘蛛程式為基礎的全文檢索搜尋引擎,這種搜尋引擎才是真正的搜尋引擎,它們通過複雜的演算法將最相關的自然搜尋結果返回給使用者。客戶通過搜尋引擎最佳化服務在搜尋結果中達到理想排名後,全文檢索搜尋引擎是不會對搜尋結果收費的,即客戶不需要為點擊付出額外的費用,客戶所要支付的費用是給網路營銷公司的搜尋引擎最佳化服務費。而在搜尋結果中按點擊收費(國內稱之為競價排名)的收費搜尋引擎(Pay Per Click Search Engine)並不是搜尋引擎最佳化服務的對象,這種收費搜尋引擎採用競價方式來提高網站在有關競價關鍵詞搜尋結果中的排名位置,金錢是決定排名的唯一因素,它們的搜尋結果實質上是一種出現在搜尋結果中的關鍵字廣告,廣告主根據使用者的點擊來付費,每個點擊的價格由排名位置決定,排名越高,廣告主支付給付費搜尋引擎的錢也就越高。由於付費收費搜尋引擎的搜尋結果並不是由相關度演算法計算出來的自然搜尋結果,返回給使用者並不是最相關的搜尋結果,也就是說,搜尋結果並不是由網站的內容品質和相關度來決定,而是由金錢來決定的搜尋結果。