BZOJ 1264 AHOI2006 基因匹配Match 動態規劃+樹狀數組

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[AHOI2006]基因匹配Match

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Description基因匹配（match）卡卡昨天晚上做夢夢見他和可可來到了另外一個星球，這個星球上生物的DNA序列由無數種堿基排列而成（地球上只有4種），而更奇怪的是，組成DNA序列的每一種堿基在該序列中正好出現5次！這樣如果一個DNA序列有N種不同的堿基構成，那麼它的長度一定是5N。卡卡醒來後向可可敘述了這個奇怪的夢，而可可這些日子正在研究生物資訊學中的基因匹配問題，於是他決定為這個奇怪星球上的生物寫一個簡單的DNA匹配程式。為了描述基因匹配的原理，我們需要先定義子序列的概念：若從一個DNA序列（字串）s中任意抽取一些堿基（字元），將它們仍按在s中的順序排列成一個新串u，則稱u是s的一個子序列。對於兩個DNA序列s1和s2，如果存在一個序列u同時成為s1和s2的子序列，則稱u是s1和s2的公用子序列。卡卡已知兩個DNA序列s1和s2，求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最長公用子序列的長度。[任務]編寫一個程式：?從輸入檔案中讀入兩個等長的DNA序列；?計算它們的最大匹配；?向輸出檔案列印你得到的結果。Input輸入檔案中第一行有一個整數N，表示這個星球上某種生物使用了N種不同的堿基，以後將它們編號為1…N的整數。以下還有兩行，每行描述一個DNA序列：包含5N個1…N的整數，且每一個整數在對應的序列中正好出現5次。Output輸出檔案中只有一個整數，即兩個DNA序列的最大匹配數目。Sample Input2
1 1 2 2 1 1 2 1 2 2
1 2 2 2 1 1 2 2 1 1
Sample Output7
HINT

[資料約束和評分方法]
60%的測試資料中：1<=N <= 1 000
100%的測試資料中：1<=N <= 20 000

 

http://blog.csdn.net/PoPoQQQ/article/details/39958251

 1 #include<cstdio> 2 #include<cstring> 3 #include<iostream> 4 #include<algorithm> 5 #include<cstdio> 6  7 #define M 200007 8 using namespace std; 9 inline int read()10 {11     int x=0,f=1;char ch=getchar();12     while(ch<‘0‘||ch>‘9‘){if (ch==‘-‘)f=-1;ch=getchar();}13     while(ch>=‘0‘&&ch<=‘9‘){x=(x<<3)+(x<<1)+ch-‘0‘;ch=getchar();}14     return x*f;15 }16 17 int n,ans;18 int a[M*5],b[M*5],c[M*5],f[M*5],pos[M][6];19 20 void Update(int x,int y)21 {22     for(;x<=n*5;x+=x&-x)23         c[x]=max(c[x],y);24 }25 int Get_Ans(int x)26 {27     int re=0;28     for(;x;x-=x&-x)29         re=max(re,c[x]);30     return re;31 }32 int main()33 {34     n=read();35     for(int i=1;i<=n*5;i++)36     {37         a[i]=read();38         pos[a[i]][++pos[a[i]][0]]=i;39     }40     for(int i=1;i<=n*5;i++)b[i]=read();41     for(int i=1;i<=n*5;i++)42         for(int j=5;j;j--)43         {44             int k=pos[b[i]][j];45             f[k]=max(f[k],Get_Ans(k-1)+1);46             Update(k,f[k]);47             ans=max(ans,f[k]);48         }49     printf("%d\n",ans);50 }

 

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