比對工具，工具

比對工具，工具

(green) short pairwise alignment / detailed edit model;(yellow) database search / divergent homology detection;(red) whole genome alignment / alignment of long sequences with structural rearrangements;(blue) short read mapping / rapid alignment of massive numbers of short sequences.

簡單的局部比對：Blast、Blat等

Blast類型包括以下幾種：Blastn---核酸序列與資料庫中的核酸序列的比對Blastp---蛋白序列與資料庫中的蛋白序列的比對Blastx---核酸序列翻譯成蛋白質(six-frame protein)後與資料庫中的蛋白序列進行比對Tblastn---蛋白質序列與資料庫中的核酸序列進行比對Tblastx---核酸序列翻譯成蛋白質後與資料庫中的核酸序列翻譯成的蛋白質序列進行比對BLAST建庫建庫的過程是建立目標序列的索引檔案，所用程式是formatdb，通常我們使用FASTA格式的序列作為輸入。用於建庫的FASTA序列是db.seq，formatdb的基本命令是：

formatdb -i db.seq [-options]

常用參數有以下幾個：

-p：選擇建庫的類型，T表示蛋白庫，F表示核酸庫。預設值為T
-o：判斷是否分析序列名並建立序列名索引。T表示建立序列名索引，F表示不建立序列名索引。預設值為F
BLAST命令列：

輸出結果：

 

3是相似性、4是能比對上的地區

Blat

全域比對：MUSCLE、MATT等

muscle -in <inputfile> -out <outputfile>