Gromacs檔案-Chapter1

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Gromacs的檔案非常的多，這是官方文檔地址：http://manual.gromacs.org/online/files.html.

本文章部分內容來自以下網址https://zhuanlan.zhihu.com/p/27279508

下面我僅做一簡述，涉及到PDB，GRO，MDP的檔案內部結構不在此介紹，而是單獨開篇。

參數檔案：

mdp：其他篇單獨講解

m2p：暫時沒用到

結構檔案：

gro：GROmacs format

g96：gromacs-96 format

pdb：Protein DataBank

一般的結構檔案：gro g96 pdb tpr tpb tpa

拓撲檔案：

top：系統拓撲檔案

itp：include topology 被主拓撲檔案（.top）包含的分拓撲檔案，一般包含某個特定分子的類型。於主拓撲檔案區別有它不引用其他力場檔案，同時包含[system]，[molecule]等拓撲位元組。

rtp：殘基拓撲檔案。該檔案包含常見殘基的力場資訊，包括殘基所含原子，成鍵種類等。使用pdb2gmx處理PDB檔案時，程式按照PDB檔案資訊，在RTP檔案中尋找對應的殘基力場資訊。

ndx：原子索引檔案（.ndx）。該檔案含原子的序號，當使用make_ndx程式產生索引檔案時，可以定義不同的原子組，每組名下即是該組所含各個原子的序號。

運行輸入檔案：

tpr：系統拓撲，參數，座標，速度（binary file， portable file可移植檔案）

tpa：系統拓撲，參數，座標，速度（ascii）

tpb：系統拓撲，參數，座標，速度（ascii，binary）

一般的運行輸入檔案：tpr tpa tpb

軌跡檔案：

tng：any kind of data(compressed, portable, any precision)

trj: x, v and f (binary, full precision)

trr: x, v and f (binary, full precision, portable)

xtc:x only (compressed, portable, any precision)

gro: x and v (ascii, any precision)

g96: x only (ascii, fixed high precision)

pdb: x only (ascii, reduced precision)

Formats for full-precision data: tng, trr or trj

Generic trajectory formats: tng, xtc, trr, trj, gro, g96, pdb

能量檔案：

ene：energies, temperature, pressure, box size, density and virials (binary)

enr：energies, temperature, pressure, box size, density and virials (binary, portable)

類比輸出的系統能量檔案（energy，.edr）。該檔案記錄類比輸入檔案中定義的能量組的各種相互作用能量等。

其他檔案：

log：記錄檔

cpt：該檔案為類比斷點檔案（check point，.cpt）。該檔案為類比過程固定時間間隔產生，儲存類比系統所有資訊。該檔案一部分可以在能量檔案（.edr）找到，一部分可以在雙精確度軌跡檔案（.trr）中找到。如果類比不幸因為外界條件中斷（如斷電，類比人發脾氣砸電腦等），可以使用該檔案重新在斷點處開始類比，以節省類比時間。同時也可以依靠該斷點檔案開始，並延長類比計算（見tpbconv）。

 

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