Hmmer安裝與使用

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Hmmer的安裝與使用 

      從功能基因研究的角度來講，相關的搜尋，比如從序列資料庫中，找同源的序列，或者對一個對一個新的基因功能進行評鑑，使用hmmer比使用blast有著更高的靈敏度已經更高的搜尋速度，但其應用還遠沒有blast普及。

 

 

• hmmer下載與安裝

對於Mac OS/X, Linux, UNIX系統，用原始碼編譯安裝：

   % wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz   % tar zxf hmmer-3.0.tar.gz   % cd hmmer-3.0   % ./configure   % make   % make check

windows系統，直接下載二進位壓縮包，解壓就可以使用，：

http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip

• hmmer包含的程式
• phmmer： 與Blastp類似，使用一個蛋白質序列搜尋蛋白質序列庫；
  > phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
• jackhmmer： 與psiBlast類似，蛋白質序列迭代搜尋蛋白質序列庫；
  > jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
• hmmbuild： 用多重比對序列構建HMM模型；
• hmmsearch： 使用HMM模型搜尋序列庫；
• hmmscan： 使用序列搜尋HMM庫；
• hmmalign： 使用HMM為線索，構建多重比對序列；
  > hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa
• hmmconvert： 轉換HMM格式
• hmmemit： 從HMM模型中，得到一個模式序列；
• hmmfetch： 通過名字或者接受號從HMM庫中取回一個HMM模型；
• hmmpress：格式化HMM資料庫，以便於hmmscan搜尋使用；
• hmmstat： 顯示HMM資料庫的統計資訊；
• 使用HMM模型搜尋序列資料庫

1. 使用hmmbuild構建HMM模型，輸入為Stockholm格式或者FASTA格式的多重比對序列檔案（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：
   > hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
   globins4.hmm為輸出的HMM模型
2. 使用hmmsearch搜尋蛋白質序列資料庫，蛋白質序列資料庫為FASTA格式，命令如下：
   > hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta > globins4.out
   globins4.out為輸出的結果檔案，如下：
   

*樣本使用官方教程中的樣本

使用蛋白質序列搜尋HMM資料庫

1. 構建HMM資料庫，HMM資料庫是包含多個HMM模型的檔案，可以從Pfam、SMART、TIGRFams下載，也可以自己由多重比對序列集中構建，如：
   > hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
   > hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto
   > hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto
   > cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm > minifam
2. 使用hmmpress格式化資料庫，包括壓縮以及建立索引，命令如下：
   > hmmpress minifam
   這個步驟可以很快的執行完成，輸出的內容如下：
   Working… done.
   Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).
   Models pressed into binary file: minifam.h3m
   SSI index for binary model file: minifam.h3i
   Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f
   Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p
3. 使用hmmscan搜尋HMM資料庫，命令如下：
   > hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME
   輸出如下：
   

 後記

這裡主要是一個入門式的教程，介紹了hmmer的安裝，以及最常用功能使用的命令樣本。其他程式的使用，以及每個程式的詳細參數說明，請參看官方手冊，
官方文檔手冊（pdf）：ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/Userguide.pdf

使用中，遇到的問題，或者疑難，可以留言討論。內容轉自：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1753

Hmmer安裝與使用