ITK 資料來源

http://blog.csdn.net/zhangcunli/article/details/4678711

一些醫學映像研究用的資料來源:

1.RIRE: 
Vanderbilt 大學的 J.M.Fitzpatriek教授領導的可回溯性醫學映像配准評估（RIRE）項目組,是世界是醫學映像配准評估工作最出名完善的. 該項目提供大量的病人執行個體資料, 主要用於CT-MR 以及 PET-MR 的配准評估. 研究人員可以下載其資料, 使用自己的配准技術進行實驗後,把自己的實驗結果提交到網站, 經過專業人員的評估後, 會將評估結果返回給研究者.

實驗資料: 
http://www.insight-journal.org/RIRE/download_data.php 
下載到的資料並不是 DICOM 格式的資料, 如果想使用 DICOM  格式的資料,可以通過網站提供的一個工具轉換成 DICOM 格式, 格式轉換的樣本如下: 
轉換格式:  >ImageReadDicomSeriesWriteWin32.exe sourceImage outDir 
樣本,假設我們下載到了 patient_109 病人的資料： 
解壓 patient_109 中的 ct[1].tar.gz, 如果解壓後沒有 image.bin，則解壓其中的 image.bin.Z 
將 sourceImage 替換成 patient_109_ct.mhd 即可將資料轉換成 dicom 檔案, outDir  為 DICOM 檔案的輸出目錄.

2. 2D-3D 配準的標準評估, 地址:  http://www.isi.uu.nl/Research/Databases/GS/ 
這個網站提供的資料我還沒有下載過.

3. ITK 官方提供的資料連結 
http://public.kitware.com/pub/itk/Data/ 
分別有： 
BrainWeb, 類比腦資料庫： http://public.kitware.com/pub/itk/Data/BrainWeb/ 
供有限元法實驗的資料：http://public.kitware.com/pub/itk/Data/DeformableRegistrationFEM/ 
肝臟腫瘤：http://public.kitware.com/pub/itk/Data/LiverTumor/ 
RegisterImageModulesBaselines: 
http://public.kitware.com/pub/itk/Data/RegisterImageModulesBaselines/ 
VisibleWomanHead: 
http://public.kitware.com/pub/itk/Data/VisibleWomanHead/ 
等等其它用途的資料, 現在還不明白是幹什麼用的. 有一個問題是, 大部分資料都是 .mhd, .raw 格式的,查了半天也沒有查到這些資料怎麼處理, raw 應該是未經處理資料, mhd 指定參數如何讀取 raw 檔案中資料. 試了下, 可以使用 VTK 對這類資料進行可視化, 但是 raw 檔案中一般包含了大量的資料, 還沒有找到如何有效處理方法,這個以後再說.不過 ITK 中關於可變形配准中的樣本用的都是這種資料,不知哪裡有這種格式的介紹.

4.DICOM 資料集: http://pubimage.hcuge.ch:8080/ 
  這個網站有大量的資料，不同部位，不同病情, 資料量十分的龐大.

5.斯坦福大學: http://graphics.stanford.edu/data/voldata/ 不過奇怪,
下載到的資料分明已經被我的 DICOM 察看軟體關聯了,但是就是打不開, 而且試了很多軟體都打不開,鬱悶.

6.可視化人體項目 CT 資料庫: https://mri.radiology.uiowa.edu//VHDicom/ ,這個網站提供兩種不同格式的資料,
靠後面的連結是 DICOM 格式.

7.BrainWeb: Simulated Brain Database 類比腦資料庫, 上面 ITK 官方連結也提供了一個 BrainWeb, 但不知道和這個是不是一樣的, 該網站提供的資料下載需要選擇一些參數, 暫時還不明白是做什麼用的. 對於腦映像資料, 該網站是非常著名的,但是同樣, 我還不知道如何處理它所提供的資料格式,唉,這方面的知識資料缺乏啊... 
http://www.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/

8.國內中科院自動化研究所： 
http://www.mitk.net/zhcn/index.htm ,其中一個資料是專用於他們的 3DMed,
另一個資料庫是 Micro-CT小鼠資料. 這兩個連結本來是壞的, 還是我前幾天給他們發了封 Email 後, 他們才修複了, 真是太不負責了.

差不多主要的就這些了, 看了一些論文, 醫學映像配准大部分都使用 RIRE 項目, 有的使用的是 BrainWeb 的腦映像資料.重要的是 RIRE 會對研究者們的實驗結果進行評判, 而且資料都是經過大量專家實驗過的,應該是最權威的.

讓人麻煩的是, 醫學方面的資料太缺乏了, 好多資料格式都不明白是怎麼回事, 查了很長時間,出沒有查到如何處理.這個暫且放下,以後再說.