互資訊應用於SNP特徵選取的局限

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互資訊已廣泛應用於特徵選取問題，但應用在 SNP 選擇上還存在著一些局限。
第一，互資訊只能衡量一個 SNP 組合與表型的相關性， 無法衡量多個 SNP 與表型的相關性。
第二， 利用互資訊排序 SNP 時，隱含著一個假設，即： SNP 間是相互獨立的，不存在著依賴關係。然而事實上，SNP 間存在著廣泛的互動作用。因此，互資訊排序 SNP 會嚴重低估互動作用 SNP 的重要性。
第三，利用互資訊選擇 SNP 組合時，任意加入一個新 SNP 都會使互資訊值不小於加入前該 SNP 組合的互資訊值，限制了不同維度 SNP 組合間的比較。