MAGENTA: Meta-Analysis Gene-set Enrichment of variaNT Associations

標籤：war   iat   cut   ons   染色體   位置   discovery   文字格式設定   false   

MAGENTA是一款計算工具，利用全基因組遺傳資料，計算預先設定的涉及生物過程或者功能性基因集在遺傳相關性的富集程度。開發的目的是分析基因型不是現成的資料集，比如大型的全基因組關聯薈萃分析。在以下兩種情況下可以使用：1，檢驗某個特定的假設；2，通過檢測一系列已知的生物基因集（從不同的公用資料庫提供的通路）提出某個假設。

輸入文字格式設定：變體相關的P值和它們的染色體位置（資料從全基因組關聯分析檔案或者薈萃分析檔案獲得）

輸出文字格式設定：針對給定的基因集或通路，計算出基因集富集分析後的P值和錯誤發現率（false discovery rate），附加資訊有：在此富集閾值（cutoff）下，期望和觀察到的基因數目。

工具地址：https://software.broadinstitute.org/mpg/magenta/

MAGENTA: Meta-Analysis Gene-set Enrichment of variaNT Associations