解決Linux系統中Bioconductor安裝程式包時RCurl和XML的依賴問題__Linux

Ubuntu使用Bioconductor安裝很多新程式包時需要依賴RCurl和XML，但是這兩個程式包往往無法正確安裝。

直接在R種安裝'RCurl'可能會遇到Cannot find curl-config的問題,從而導致與之相關的依賴關係不成立,安裝不成功.解決方案是運行終端,apt-get install libcurl4-gnutls-dev.然後再運行R,install.packages('Rcurl'). RCurl的問題可參考http://cos.name/cn/topic/108303/https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-debian/2011-April/001576.html 其中第二個連結提到,所謂的xxx-config問題往往需要通過安裝相應的xxx-dev包進行解決,可用通過搜尋ubuntu的程式包資料庫得到一些提示.但是符合xxx-dev的包可能有多個,需要根據經驗或者通過google安裝合適的-dev包.

同理，xml-config的問題,解決方案同上,就是apt-get install xxx-dev這樣的包.這裡需要安裝libxml2-dev這個問題也有人提到,參見http://blog.sina.com.cn/s/blog_86c8fc120101fq04.html

RCurl和XML這兩個包解決之後,其他基本就沒有問題了.

具體解決步驟如下:開啟terminal終端運行以下命令,安裝-dev包, 解決curl-config和xml-config的問題sudo apt-get install libcurl4-gnutls-devsudo apt-get install libxml2-dev