運行R 報錯R cannot R_TempDir， 繼而發現/dev/mapper/VG00-LV01 磁碟空間已滿

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今天在運行R指令碼的時候報了個錯：Fatal error: cannot create ‘R_TempDir‘。排除了是自己寫的代碼的問題，想著應該是某個沒見過的原因，google之，發現網上的說法是/tmp檔案夾佔滿了磁碟空間。

運行 df 命令：

Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on/dev/mapper/VG00-LV01                             50G   47G   16M 100% /

發現確實有個分區被佔滿了。。。

第一次碰到這種情況，繼續google之，使用如下命令

du -sh /* | sort -nr

可以得到 / 目錄下所有檔案和目錄的大小的排序結果。

從中找出最大的，在我的機器中/var檔案佔用了47個G的大小，應該就是它了，使用上面的命令繼續追蹤：

du -sh /var/* | sort -nrdu -sh /var/log/* | sort -nrdu -sh /var/log/httpd/* | sort -nr

一層一層往下追蹤，最後發現是 httpd/目錄下的ssl_error_log佔據了超大磁碟空間，看了下檔案內容，估計是某次連結導致了大量錯誤資訊被一遍遍的迴圈寫入。

不多想，直接把這檔案刪除。

運行 df -i:

Filesystem              Inodes  IUsed     IFree IUse% Mounted on/dev/mapper/VG00-LV01                       3276800 226882   3049918    7% /tmpfs                  4069835      7   4069828    1% /dev/shm/dev/md0                 51200     39     51161    1% /boot/dev/mapper/VG00-LV02                      56705024  11756  56693268    1% /opt

沒有太大使用量，這是因為-i查看inode節點情況，和檔案大小是不同概念。

再次運行df -h命令：

Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on/dev/mapper/VG00-LV01                             50G   47G   16M 100% /

仍然還是100%，明明已經刪除了啊。。。 不解，繼續google之。。

結論是“在Linux中，當我們使用rm在linux上刪除了大檔案，但是如果有進程開啟了這個大檔案，卻沒有關閉這個檔案的控制代碼，那麼linux核心還是不會釋放這個檔案的磁碟空間，最後造成磁碟空間佔用100%，整個系統無法正常運行。這種情況下，通過df和du命令尋找的磁碟空間，兩者是無法匹配的，可能df顯示磁碟100%，而du尋找目錄的磁碟容量佔用卻很小。”

找出檔案使用者，kill掉：

lsof -n | grep deleted

找到使用ssl_error_log檔案的進程，kill掉，然後再次df -h，發現已經沒有100%的情況了。

處理完成~~

運行R 報錯R cannot R_TempDir， 繼而發現/dev/mapper/VG00-LV01 磁碟空間已滿