Ubuntu+Open MPI+SSH小叢集簡易配置__Parallel

為了完成課程作業，筆者致力於尋找最簡捷的配置方式。目的是串連三個節點運行簡單的MPI程式。

參考資料：https://www.open-mpi.org ， https://blog.csdn.net/kongxx/article/details/52227572 各節點初始化

為了方便後續的SSH串連，這裡設定所有節點具有相同的username（因為 ssh IP等價於 ssh $USER@IP） 。關於建立使用者的部分請參考https://blog.csdn.net/silent56_th/article/details/80033636 。

一個方便後續輸入的可選操作是：在各個節點中通過修改/etc/hosts為其他節點的IP地址映射一個名稱，用於指代。 節點間免密碼SSH串連

詳情參考：https://blog.csdn.net/kongxx/article/details/47046817

簡單的說，是節點A用例如RSA的演算法產生了公私密金鑰做身份認證，節點B通過記錄節點A的公開金鑰，對節點A進行授權。授權完成後，節點A可以不要求輸入密碼直接存取節點B。

理論上只需要其他節點對主節點做授權，筆者為了防止bug，對所有節點之間均做了授權。 Open MPI簡介與編譯

關於MPI以及Open MPI的簡介詳見：https://www.open-mpi.org/video/?category=general

簡單的說是MPI為協議，Open MPI是具體實現。

關於Open MPI的編譯詳見：https://www.open-mpi.org/faq/?category=building#easy-build

簡易步驟為：下載解壓–>configure（--prefix用於指定安裝位置）–> sudo make all install

筆者直接將Open MPI安裝到系統中，所以 --prefix=/user/local，後續也無需設定PATH等系統參數；否則需要將相應位置的bin以及lib路徑加入到 $PATH和 $LD_LIBRARY_PATH中（可以通過 .bashrc設定） 編譯與運行代碼

mpicc命令和 gcc/cc使用方法相似，簡單操作是 mpicc <c_filename> -o <excutable_filename>

單節點執行： mpirun -np <processor_num> <filename>，其中-np指定處理器數目，第一個不可解釋的字串（ <filename>）被看作可執行檔名稱。

小叢集執行： mpirun -np <processor_num> --hostfile <hostfile_name> <filename>，其中 <hostfile_name>內指定可用的節點IP地址與slot數。例如筆者的mpi-hosts檔案為：

localhost   slots=2slave1  slots=2slave2  slots=2

其中localhost為本地節點，slave1/2是其他兩個節點在主節點中的IP地址指代（於/etc/hosts中設定）