用R和BioConductor進行基因晶片資料分析(三)：計算median

接前一篇： http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2012/12/05/2803144.html

 

我們已經知道要分析的資料對每個基因有3個重複測定值，經過缺失值填充後，每個基因都有3個可用值。

這一步很簡單，就是取這3個值的中位元，即median。

方法很多，在excel中可以用median函數;

在R中以下代碼進行操作：

get_median<-function(i,j){
num_vec<-c(imputeddata[i*3-2,j],imputeddata[i*3-1,j],imputeddata[i*3,j])
median(num_vec)
}
#A simple function to calculate median value of three replicates

dimrow<-(dim(imputeddata)[1])/3
mediandata<-matrix(data = NA, nrow =dimrow, ncol = dim(imputeddata)[2], byrow = TRUE, dimnames = NULL)
#Create a blank matrix to store median values

for (i in 1:dimrow){
for (j in 1:dim(imputeddata)[2]){
mediandata[i,j]<-get_median(i,j)
}
}
#Assign median value using the function get_median()

 

現在我們得到了中位元的資料，儲存在mediandata對象裡，行數是缺失值填充資料imputeddata的1/3，double check一下：

> dim(imputeddata)
[1] 11571 20
> dim(mediandata)
[1] 3857 20

 

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