Linux

標籤：open   log   x64   完成   ima   shell   ack   pac   class   安裝完linux系統後，一般都帶有預設jdk。現在預設是1.8版本的。需要卸載內建的，然後安裝自己需要的。1

Linux檔案系統的基本結構，linux檔案基本結構 Linux檔案系統結構 通過下面兩張圖片來認識一下Linux檔案系統的結構。 當前工作目錄  實踐：檔案名稱 這些規則不僅適用於檔案，也適用於檔案夾。 實踐：ls命令ls命令表示列出當前工作目錄的內容，包括檔案和檔案夾。相當於windows中的檔案瀏覽器。 最常用是'ls -a'和'ls

Shell-3-檔案之名，1.產生任意大小的檔案[root@localhost tmp]# dd if=/dev/zero of=junk.data bs=1M count=1記錄了1+0 的讀入記錄了1+0 的寫出1048576位元組(1.0 MB)已複製，0.00219263 秒，478 MB/秒if代表輸入檔案，of代表輸出檔案，bs大小，count表示塊數 [root@localhost tmp]# dd if=/dev/zero of=junk.data bs=1M

命令列BASH的基本操作，bash基本操作  　　前面說了，我們要盡量少用GNOME圖形介面，而應該以使用BASH命令列為主。SHELL Shell是作業系統核心的殼，因為我們不能直接作業系統的核心Kernel，只能通過Shell去操作，Shell可以簡單理解為使用者向作業系統發送指令的代理。看下面兩張圖。 GNOME指的是圖形介面，BASH就是命令列，即CentOS下的Terminal終端。BASH BASH可以簡單理解為系統下的Termina

Linux檔案基本操作管理，linux檔案基本操作 　　這一篇總結Linux系統中檔案和目錄的建立，複製，移動和重新命名，包括刪除這些最常用的操作。建立1，建立目錄使用命令：mkdir實踐：在根目錄下建立一個目錄命名為mcgrady 2，建立檔案 使用命令：touch實踐：在mcgrady目錄中建立兩個檔案，分別命名為：aaa和bbb複製命令：cp，即copy的縮寫，可以複製檔案和目錄。 實踐：移動或重新命名移動可以理解為windows下的剪下操作。&nb

LNMP編譯安裝之msyql安裝--圖文詳解，lnmpmsyqlLNMP編譯安裝之msyql安裝--圖文詳解1、前言本次安裝採用源碼安裝，主要資源套件從官網下載，次要依賴則使用yum進行安裝，本篇只涉及mysql的安裝，msyql遠程登入，不涉及mysql具體配置。該教程純屬安裝，不涉及任何重要知識點，老少皆宜。2、安裝步驟2.1、下載boost（只下載不安裝）wget

centos7啟動過程及systemd詳細說明，centos7systemd開機啟過程POST—>BOOT SEQUENCE—> BOOTLOADER—>KERNEL +

修改/etc/resolv.conf又恢複到原來的狀態，etcresolv.confping: unknown host www.baidu.com？？？修改/etc/resolv.conf，重啟網卡後，/etc/resolv.conf恢複到原來的狀態。CentOS、redhat下面直接修改/etc/resolv.conf不行。必須要在/etc /sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0裡面最後加上dns的設定。要不然，重啟後，肯定使用eth0設定中沒有設

序列比對前的準備工作，序列準備工作在使用FastQC之後，如果我們發現了一些問題（序列品質不高），那麼我們該使用什麼樣的工具，去解決這些問題呢？ fastx Toolkit是包含處理fastq/fasta檔案的一系列的工具，它是基於java開發的，我們高通量測序最常用到的是使用這個軟體進行reads的裁剪（trim） FASTQ-to-FASTA說明：這個命令主要是用來轉換FASTA格式與FASTQ格式fastq_to_fasta [-h] [-r] [-n] [-v] [-

LNMP編譯安裝之php安裝--圖文詳解，LNMP編譯安裝之php安裝--圖文詳解1、前言本次安裝採用源碼安裝，主要資源套件從官網下載，次要依賴則使用yum進行安裝，本篇只涉及php的安裝，不涉及php的配置，對應nginx如何訪問php，本篇也不涉及。該教程純屬安裝，不涉及任何重要知識點，老少皆宜。2、安裝步驟php官網：http://www.php.net/2.1、下載phpwget

redhat6安裝git出現的問題，redhat6安裝gitredhat6編譯安裝git錯誤imap-send.c: 在函數‘ssl_socket_connect’中: imap-send.c:291: 警告：不建議使用‘TLSv1_method’(聲明於 /usr/local/include/openssl/ssl.h:1612) imap-send.c: 在函數‘cram’中: imap-send.c:865: 錯誤：‘hmac’的儲存大小未知 imap-send.c:880....？？？？

轉錄組入門(1)：安裝軟體，轉錄入門HISATwget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-source.zipunzip hisat2-2.1.0-source.zipcd hisat2-2.1.0make  # 在此之前要安裝g++和gcc，用sudo apt install 安裝rm -f *.h

FastQC，fastqc使用說明1、下載fastqcwget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip2、解壓unzip fastqc_v0.11.5.zip 3、 給予執行許可權，否則執行的時候會顯示沒有許可權cd FastQCchmod 755 fastqc 4、加入到PATHexport

linux下安裝Sublime Text3並將它的捷徑放進啟動器中，sublimetext3   Sublime Text是一個代碼編輯器，我主要是用它來編輯python。下面就來簡單說明下它在linux的安裝過程吧！ 1.添加sublime text3的倉庫  首先按下快速鍵ctrl+alt+t開啟終端；  在終端輸入：sudo add-apt-repository

Linux共用對象之編譯參數fPIC，linux編譯參數fpic轉載自：http://www.cnblogs.com/cswuyg/p/3830703.html 在Linux系統中，動態連結檔案稱為動態共用對象（DSO，Dynamic Shared Objects），簡稱共用對象，一般是以.so為副檔名的檔案。在Windows系統中，則稱為動態連結程式庫（Dynamic Linking Library），很多以.dll為副檔名。這裡只備忘Linux的共用對象。   

上傳本地項目到github，上傳項目github1.建立一個本地項目，比如/d/text檔案夾 2.建立本地倉庫首先進入text檔案夾cd /d/text初始化執行指令：git init將所有檔案添加到倉庫執行指令：git add .執行指令（雙引號內是提交注釋）：git commit -m "提交檔案" 3.關聯github倉庫到github text倉庫複製倉庫地址執行指令：git remote add

轉錄組入門(2)：讀文章拿到測序資料，轉錄測序https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA323422lne是perl的參數，效果是：perl接收你的鍵盤輸入（用後面的代碼）處理後，輸出一個換行，然後等待接收下一個輸入perl -lne '$id=substr($_,0,6);print "axel

awk結合正則匹配，awk結合匹配利用awk分析data.csv中label列各取值的分布．在終端執行head data.csv查看資料：1 name,business,label,label_name2 滄州光松房屋拆遷有限公司,舊房拆遷、改造；物業服務(依法須經獲批准的項目，經相關部門批准後方可開展經營活動),E4,建築裝飾和其他建築業3

利用Tomcat搭一個原型圖伺服器，tomcat原型一.背景由來       需求經常變化，每次都要發給相關人員查看，本地查看還需要設定相容性，太麻煩了。因此考慮是否可以利用伺服器來即時更新原型檔案了。二.相關準備      首先需要一台閑置伺服器，（其實只要幾g的空間足夠。）      其他就是相關檔案準備了，Tomcat，jdk等等。

CentOS7